結論から言えば、令和8年（2026年）7月3日、出入国在留管理庁は在留手続等の手数料を大幅に引き上げる政令改正案を正式に公表し、同日からパブリックコメント（意見公募手続）を開始しました。募集期間は令和8年（2026年）7月3日から8月2日までの30日間で、改定後の手数料は令和8年（2026年）10月1日以降に受け付けられる申請分から適用される方針です。在留期間の更新・変更は現行一律6,000円から最大7万5,000円へ、永住許可は現行1万円から20万円へと引き上げられます。本記事はこの新展開に軸足を置いた続報です。私たち行政書士法人Treeは外国人の在留資格の申請取次を業務とする専門家として、値上げ前の前倒し申請やオンライン申請への対応をご支援します。なお、今回値上げされるのは入管庁に納める国の手数料（実費）であり、当事務所の報酬とは別のものです。制度・審査結果や政令の内容は入管庁の所管で、労使紛争は弁護士、社会保険・労務は社労士と連携して対応します。6月時点の背景や制度の全体像は前回の記事（在留資格の手数料、早ければ2026年10月値上げへ）で詳しく解説しています。
目次
令和8年7月3日に何が公表されたか（政令案の正式化とパブコメ開始）
令和8年（2026年）7月3日、出入国在留管理庁は在留手続等の手数料を引き上げる政令改正案を公表しました。政令案の正式名称は「出入国管理及び難民認定法施行令及び日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法施行令の一部を改正する政令案」です（略称として「出入国管理及び難民認定法施行令の一部を改正する政令案」と呼ばれることもあります）。あわせて「出入国管理及び難民認定法施行規則等の一部を改正する省令案」も同一案件として公表され、意見募集の対象となっています。
この政令案の公表と同時に、令和8年（2026年）7月3日からパブリックコメント（意見公募手続）が始まりました。募集期間は令和8年（2026年）7月3日から8月2日までの30日間です（e-Govの案件番号は315000136、所管は出入国在留管理庁）。前回6月24日時点で報じられていた入管庁の「案」が、正式な政令改正案として意見公募の俎上に載った、という点が今回の大きな節目です。前回時点の背景や制度趣旨の詳細は前掲の前回記事をご覧ください。
新旧料金の全体像（段階制・永住20万円・料金比較表）
今回の政令案の最大の特徴は、在留資格変更許可申請・在留期間更新許可申請が現行の「一律6,000円（オンライン5,500円）」から、許可される在留期間に応じた段階制へと切り替わる点です。在留期間が長いほど手数料も高くなります。報道各社と入管庁の説明で明らかになっている主な区分（窓口）は、次のとおりです。
| 手続・在留期間の区分 | 現行（改定前） | 改定案（窓口） |
|---|---|---|
| 在留資格変更・在留期間更新（3か月以下） | 窓口6,000円／オンライン5,500円 | 10,000円 |
| 同（1年） | 33,000円 | |
| 同（3年以上5年未満） | 64,000円 | |
| 同（5年以上） | 75,000円 | |
| 永住許可 | 10,000円（窓口のみ） | 200,000円 |
なお、政令では在留期間の区分がより細かく定められる見込みで、上記の間にあたる在留期間（6か月・3年など）の額は、これらの区分の間の額として最終的な政令の公布で確定します。現時点で報道・入管庁の説明により確定的に判明しているのは、上表の各区分（窓口）と永住20万円、そしてオンライン割引の幅（次項）です。
現行の手数料は、在留資格変更・在留期間更新が窓口6,000円・オンライン5,500円（現行もオンラインは500円安い設定です）、永住許可が窓口1万円です。改定後は在留関係が最高で7万5,000円（窓口・5年以上）、永住許可が20万円となり、永住は現行の20倍に達します。いずれも入管庁に納める国の手数料（実費）であり、当事務所の報酬ではありません。
永住許可の20万円について、政府は、永住が在留期間の定めのない資格であり在留の安定という利益が大きいこと（受益者負担・応益の考え方）や、変更・更新に比べ審査により時間を要することなどを引き上げの理由として説明していると報じられています。具体的な積算の内訳は最終的な政令・資料で確認が必要です。
オンライン割引は段階制、永住は窓口のみ
オンライン申請の割引額は「一律1万円」ではなく、区分ごとに異なる段階制です。入管庁の説明・報道では、窓口申請とオンライン申請とで手数料の額に3,000円から1万円の差を設けるとされています。したがって「最大1万円割引」は上限にあたる「5年以上」の区分を指し、この場合オンラインは6万5,000円（窓口7万5,000円より1万円安い）となります。在留期間が短い区分ほど割引額は小さくなり、「3か月以下」の区分にはオンライン別料金の設定がなく割引の対象外です（窓口・オンラインとも1万円）。「1年」「3年以上5年未満」など各区分のオンラインの具体額は、3,000円〜1万円の範囲で窓口額より安くなりますが、区分ごとの正確な差額は最終的な政令の公布で確定します。
永住許可は窓口申請のみで、オンライン申請の対象外です。したがってオンライン割引もありません。永住は現行1万円から20万円へと差額が大きいため、この点は特に注意が必要です。
なお納付方法について、入管庁の公式Q&Aは、オンライン申請の場合でも「収入印紙の代わりにクレジットカード等で電子納付することはできません」としています。オンライン申請の「割引」はクレジットカード決済によるものではなく、貼付する収入印紙の額が窓口より少額になる形で実現されるものと理解しておくのが安全です。
困窮者向けの減額措置（在留1万円・永住2万円）
政令案には、経済的に困窮する方への減額措置が盛り込まれています。報道によれば、（1）生活保護法上の要保護者に準ずる程度に生活に困窮していると認められ、かつ（2）人道上の配慮が必要と認められる方について、在留資格変更・更新を1万円まで、永住許可を2万円まで、それぞれ減額できるとされています。
重要なのは、これが「いずれか一方」ではなく「双方に該当する」ことを要件とするAND条件である点です。困窮していることと人道上の配慮が必要であることの両方を満たす必要があります。難民と認定された方や一部の難民認定申請者などは、独立した全額免除のカテゴリとしてではなく、この困窮・人道の要件を満たす場合に上記の減額対象に含まれるという整理と報じられています。したがって「難民は手数料が免除される」と断定することは、現時点の公表資料からは正確ではありません。
法律の委任文言自体は「減額又は免除」であり、免除（0円）の余地も条文上はあり得ます。ただし今回7月3日に具体化・公表されたのは減額の額（在留1万円・永住2万円）と二要件であって、外交・公用等を全額免除する独立カテゴリや免除となる具体的な類型、減額を受けるための困窮の立証書類・申請手続の詳細は、公表資料からは確認できません。これらは今後の政令・ガイドラインや運用で確定する見込みです。減免規定の対象や要件が明確でないとして、日本弁護士連合会は令和8年（2026年）3月30日付の会長声明で「法律の明確性の原則に反する」と批判しています。この点は政令案の段階であり、確定は今後という留保が必要です。
改正入管法の「上限」と政令案の「実額」は別物
今回の手数料額を理解するうえで、「法律が定める上限」と「政令が定める実額」を区別することが欠かせません。二段構えの仕組みだからです。
まず、令和8年（2026年）5月29日に成立し、6月5日に公布された改正入管法（出入国管理及び難民認定法の一部を改正する法律）が、手数料の上限額を法律で定めました。上限は、在留資格関係が10万円、永住許可が30万円です。そのうえで、実際に徴収する額は上限の範囲内で政令（施行令＝手数料令）で定める建付けとなっています。今回7月3日に公表された政令案が定める実額は、在留関係が最大7万5,000円、永住が20万円です。
つまり「上限（法律の枠）」と「実額（政令の値段）」は別次元の数字であり、混同できません。実額は上限より低く設定されているため、法律上はさらに引き上げる余地が残されている点も、読者として押さえておきたいところです。値上げの理由として、政府は受益者負担、出入国・在留管理コストの増大と財源確保、在留管理のデジタル化への投資、共生施策の費用などを挙げています。平口洋法務大臣は、外国人の出入国・在留の公正な管理に関する費用は増大が見込まれ、十分な財源を確保する必要があるとして「在留者に相応の負担を求めることが必要」との趣旨を説明したと報じられています。一方で、東京新聞は当事者の外国人から「高すぎる」との声、識者から「負担できず、在留資格を失う人が出てくる恐れがある」との懸念を報じており、日弁連や難民支援協会なども慎重審議や見直しを求める声明を出しています。
いつから適用か（10月1日申請分の意味と駆け込み申請）
政令案の施行期日は令和8年（2026年）10月1日です（改正法附則に基づく施行日）。報道各社は、改定後の手数料は「令和8年（2026年）10月1日以降に受け付けられる（申請する）分から」適用される方針と伝えています。ここで基準となるのは、許可日でも申請書の作成日でもなく「申請の受付日（受理日）」であると読める点が実務上重要です。「申請日」という語は申請書の作成日や送信日と混同されやすいため、本記事では「受け付けられた日」と表記します。
この受付日基準を前提とすると、令和8年（2026年）10月1日より前に受け付けられた申請については、審査の結果として許可・交付が10月1日以降になっても、現行の手数料（在留の変更・更新6,000円、永住1万円）で納付できる見通しです。すなわち、10月1日より前に受付が完了する申請は、いわゆる駆け込み申請として現行料金の適用を受けられる余地があります。この考え方は、前回の令和7年（2025年）4月改定時に入管庁が公式に採った経過措置（「2025年3月31日までに受付した申請については、当該申請に係る許可又は交付が4月1日以降となっても、改定前の手数料による納付となります」）と整合します。
ただし、政令の経過措置の正確な文言は最終的な政令の公布まで確定していません。受付日基準という見立ては報道・専門家解説に基づく推測を含むため、9月末の駆け込み申請の適用可否は最終政令で確認する必要があります。また、窓口の混雑や書類の不備による受付の遅延で10月1日をまたいでしまうリスクもあるため、前倒しを検討する場合は余裕をもった準備が安全です。永住は差額が19万円と極めて大きいため、要件が整っているなら前倒しの実益が最も大きい手続といえます。もっとも、永住は税・年金・健康保険の納付状況や在留年数など要件審査が厳格ですので、値上げ回避を優先して要件が未充足のまま拙速に申請すると不許可のリスクがあります。要件の確認が先です。なお、政令の正式な公布日は本記事執筆時点では未確定であり、断定は避けます。
パブリックコメントの出し方と期限
この政令案に対しては、誰でも意見を述べることができます。意見公募（パブリックコメント）の受付期間は、e-Govの公式表記では受付開始が令和8年（2026年）7月3日10時00分、受付締切が令和8年（2026年）8月3日0時00分です。この「8月3日0時00分締切」はe-Gov特有の表記で、実質的には8月2日いっぱい（8月2日24時）までの受付を意味します。報道でいう「8月2日まで」と同じですが、e-Govで確認すると「8月3日」と表示されるため、混同しないよう注意してください。
提出は、e-Govパブリック・コメントの該当案件ページ（案件番号315000136）を開き、「意見提出」フォームから行います。意見本文は1件あたり最大6,000文字まで、氏名・住所・郵便番号等を入力し、個人か法人（団体）かの別を選んで提出します。内容確認画面を経て提出が完了します。締切間際はアクセスが集中し、締切時刻で受付が停止するため、余裕をもった提出をおすすめします。外国人を多く雇用する企業など、事業者としての立場を明記すると意見の説得力が増します。
企業・ご本人の実務対応
企業やご本人が「10月1日申請分」からの値上げに備えるうえで、実務上のポイントを整理します。
第一に、前倒し・駆け込み申請の検討です。更新は在留期限のおおむね3か月前から申請でき、期限前でも受け付けられれば現行料金です。更新期限が令和8年（2026年）10月から年末頃に来る方や、近く永住を出す予定の方は、要件が整っているなら9月中の前倒しでコスト差を回避できる余地があります（受付日基準は推測を含むため最終政令で要確認）。
第二に、複数人を雇用する企業のコスト試算です。改定後（窓口）の単価は在留期間で変わり、1年更新なら1人あたり3万3,000円です。例えば毎年1年更新のスタッフを企業負担する場合、10人で年33万円、20人で年66万円、50人で年165万円となります。単価は「許可される在留期間」で決まるため、頻繁な短期更新よりも長い在留期間を取れる方が5年トータルでは割安になり得ます（1年更新5回＝16万5,000円に対し、5年許可1回＝7万5,000円）。ただし、どの在留期間が許可されるかは審査次第で選べないため、これはあくまで一般論としての試算です。
第三に、オンライン申請の活用です。在留資格変更・更新は、3か月以下の区分を除き、オンライン申請で区分に応じた割引（最大1万円）を受けられます。在留申請オンラインシステムは「外交」「短期滞在」等を除く在留資格で利用でき、原則として官署への出頭が不要となります。永住はオンライン対象外で窓口のみ・割引なしである点に留意してください。
当事務所のサポート（値上げ前の駆け込み申請・オンライン申請に対応）
行政書士法人Treeは、外国人の在留資格に関する申請取次を業務とする申請取次行政書士です。今回の値上げは、在留期間更新・変更で最大7万5,000円、永住許可で20万円と負担が大きく、令和8年（2026年）10月1日以降に受け付けられる申請分から適用される方針です。前回の令和7年（2025年）4月改定と同じ「受付日基準」の運用となれば、10月1日より前（9月中）に申請の受付が完了した案件は、現行の手数料（在留の変更・更新6,000円、永住1万円）で済む可能性があります。差額は在留で最大約7万円、永住では19万円にのぼります。ただし経過措置の正確な内容は最終的な政令の公布で確定するため確実ではなく、公布を待っていると間に合わないおそれもあります。更新・変更・永住のご予定がある方は、値上げ前の申請に向けて早めのご準備・ご依頼をおすすめします。当事務所では、要件の確認から必要書類の収集・作成、申請の取次まで一括してお引き受けし、9月末までの受付完了を見据えたスケジュールでご支援します。
また、当事務所は在留申請オンラインシステムによるオンライン申請に対応しています。オンライン申請は、3か月以下の区分と永住を除き、窓口より手数料が安くなる（区分により最大1万円割引）うえ、原則として入管への出頭が不要です。書類のやり取りで手続を進められるため、遠方の方やお忙しい方、全国の企業のお客様でもスムーズにご依頼いただけます。値上げ後を見据えたオンライン割引の活用もあわせてご提案します。
なお、今回値上げされるのは入管庁に納める国の手数料（実費）であり、当事務所の報酬とは別のものです。ご依頼では入管手数料（実費）と行政書士報酬を明確に分けてお見積り・ご請求します。制度の内容や審査結果、政令の最終的な内容は入管庁の所管であり、パブコメを経て確定します。労使紛争や在留特別許可の係争は弁護士、社会保険・労務は社労士と連携して対応します。
まとめ
令和8年（2026年）7月3日、在留手続等の手数料を引き上げる政令改正案が正式に公表され、同日から8月2日までパブリックコメントが実施されています。改定後の手数料は、在留資格変更・更新が現行一律6,000円から在留期間に応じた段階制（最大7万5,000円）へ、永住許可が現行1万円から20万円へと引き上げられ、令和8年（2026年）10月1日以降に受け付けられる申請分から適用される方針です。オンライン割引は区分ごとに3,000円から1万円の段階制で、3か月以下と永住は対象外です。困窮者向けには在留1万円・永住2万円への減額措置が設けられますが、立証書類や手続の詳細は今後の運用で確定します。改正入管法が定める上限（在留10万円・永住30万円）と、政令案が定める実額（在留最大7万5,000円・永住20万円）は別物です。受付日基準を前提とすれば、10月1日より前に受け付けられる申請は現行料金となる見通しですが、経過措置の正確な内容は最終政令で確認が必要です。前倒し申請やオンライン申請への対応をご検討の際は、お早めにご相談ください。
在留手数料の値上げ（政令案）に関するよくある質問
Q：値上げはいつから適用されますか。
A：政令案では施行期日が令和8年（2026年）10月1日とされ、報道では「令和8年（2026年）10月1日以降に受け付けられる申請分から」改定後の手数料を適用する方針とされています。基準となるのは許可日ではなく「申請の受付日」と読めるため、10月1日より前に受け付けられた申請は、許可が10月1日以降になっても現行料金（在留の変更・更新6,000円、永住1万円）で納付できる見通しです。ただし経過措置の正確な文言は最終的な政令の公布まで確定していないため、9月末の駆け込みの可否は最終政令でご確認ください。
Q：オンライン申請にすると必ず1万円安くなりますか。
A：いいえ。オンライン割引は区分ごとに3,000円から1万円の段階制とされ、1万円安くなるのは「5年以上」の区分のみです。在留期間が短い区分ほど割引額は小さくなります。区分ごとの具体的な割引額は最終的な政令の公布で確定するため、現時点では目安としてお考えください。「3か月以下」の区分と永住許可はオンライン割引の対象外です。
Q：この手数料は行政書士に支払う報酬ですか。
A：いいえ。今回値上げされるのは、入管庁に納める国の手数料（収入印紙代＝実費・国庫収入）であり、行政書士に支払う報酬とはまったく別のものです。当事務所へのご依頼では、入管手数料（実費）と行政書士報酬を明確に分けてお見積り・ご請求します。値上げされる1万円から7万5,000円（在留）・20万円（永住）は、あくまでご依頼者が実費として負担する国費です。
Q：生活に困っている場合、手数料は減額されますか。
A：政令案では、（1）生活保護法上の要保護者に準ずる程度に困窮し、かつ（2）人道上の配慮が必要と認められる方について、在留関係を1万円、永住許可を2万円に減額できるとされています。両方の要件を満たす必要がある点にご注意ください。難民と認定された方や一部の難民認定申請者なども、この困窮・人道の要件を満たす場合に減額対象に含まれる整理と報じられています。ただし、減額を受けるための立証書類や申請手続の詳細は現時点で公表されておらず、今後の政令・運用で確定する見込みです。
Q：パブリックコメントで意見を出すにはどうすればよいですか。
A：e-Govパブリック・コメントの該当案件ページ（案件番号315000136）を開き、「意見提出」フォームから提出します。受付期間は令和8年（2026年）7月3日から8月2日まで（e-Govの締切表記は8月3日0時00分＝実質的に8月2日いっぱい）です。意見本文は1件あたり最大6,000文字まで入力でき、締切間際はアクセスが集中するため余裕をもった提出をおすすめします。
※ 本記事は執筆時点の法令・実務に基づき細心の注意を払って執筆しておりますが、内容の正確性・完全性・最新性を保証するものではなく、誤記・脱漏等があった場合でも当事務所は一切の責任を負いません。法令・実務の取扱いは改正・運用変更により変動します。個別具体的な事案・手続については、必ず行政書士・弁護士・税理士・司法書士・信託銀行等の専門家にご確認のうえご判断ください。
