補助金に税金はかかる？圧縮記帳・消費税不課税・別表十三（一）の注意点｜法人税法第42条・第43条特別勘定・第44条・税額控除との選択適用

公開日：2026年5月19日

補助金を受け取ると、法人税法上は原則として益金算入され、課税対象となります。ただし、固定資産取得に充当した補助金については、法人税法第42条以下に基づく「圧縮記帳」により課税を将来へ繰り延べることが可能です。本記事では、補助金の税務上の取扱い、圧縮記帳の制度概要、直接減額方式と積立金方式の選択、別表十三（一）の記載、税額控除・特別償却との選択適用を整理します。圧縮記帳の採否判断・別表記載・税額計算は税理士業務として整理し、本記事は実務概要の整理として参照ください。

本記事の結論：

• 補助金は法人税法上、益金算入が原則。固定資産取得分は法人税法第42条の圧縮記帳で課税繰延が可能。
• 補助金交付年度と固定資産取得年度が異なる場合は、法人税法第43条「特別勘定」により損金算入可能。
• 消費税法上は、補助金は対価性のない収入のため不課税（消費税法第2条第1項第8号・第4条第1項）。課税売上割合の分母分子に含めない。
• 圧縮記帳と中小企業経営強化税制・中小企業投資促進税制等の税額控除・特別償却は重畳適用不可。有利選択が必要。
• 個人事業主は所得税法第42条「国庫補助金等の総収入金額不算入」の特例（圧縮記帳とは別制度）。

補助金は原則課税。ただし固定資産取得分は圧縮記帳で課税を繰り延べられる

補助金は、法人税上は原則として益金算入され、課税対象となります。一方、消費税上は通常、資産の譲渡等の対価ではないため不課税取引として整理され、課税売上割合の分母・分子のいずれにも含めません。もっとも、固定資産の取得または改良に充てるために交付された国庫補助金等については、返還不要が事業年度終了時までに確定し、交付目的に適合した固定資産を取得・改良した場合に、法人税法第42条等の圧縮記帳を検討できます。ただし、広告宣伝費、人件費、外注費、専門家経費、クラウド利用料などの経費補助部分は原則として圧縮記帳の対象外です。圧縮記帳の採否判断、別表十三（一）の作成、税額計算、確定申告は税理士業務として確認する必要があります。

根拠法令（2026年5月時点）

• 法人税法第42条（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入：同一事業年度内に固定資産を取得した場合）
• 法人税法第43条（国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入等：固定資産取得が翌期以降にずれる場合の特別勘定経理）
• 法人税法第44条（国庫補助金等で取得した固定資産等の処分があった場合等の取扱い）
• 法人税法施行令第79条以下（圧縮記帳の対象資産・計算方法）・第80条の2（取得価額の特例）
• 法人税法施行規則第8条（圧縮記帳の手続）
• 法人税基本通達2-1-1（益金の計上時期：権利確定主義）・第10-1-1（特別勘定の経理方法）
• 所得税法第42条（国庫補助金等の総収入金額不算入：個人事業主の特例）
• 消費税法第2条第1項第8号（資産の譲渡等）・第4条第1項（課税対象）：補助金は対価性のない収入のため不課税
• 消費税法第30条・消費税法施行令第48条（課税売上割合：補助金は分母分子いずれにも算入しない）
• 消費税法第60条第4項（国・地方公共団体・公益法人等の特定収入による仕入控除税額調整）
• 租税特別措置法第42条の6（中小企業投資促進税制）・第42条の12の4（中小企業経営強化税制）等（圧縮記帳との選択適用）
• 補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律・各補助金交付規程（財産処分制限・返還等）
• 行政書士法第1条の2第1項（権利義務に関する書類の作成）・第1条の3第1項第1号（提出代理）

1. 補助金の税務上の取扱い

1-1. 法人税の課税

補助金は法人税法上、原則として益金算入されます。法人税基本通達2-1-1により、権利確定主義（交付決定通知の到達時）が原則的な計上時期で、確定通知の到達時点で益金計上します。実務上は入金時に経理処理する場合もありますが、決算期をまたぐ場合は権利確定時に未収金として計上する必要があります。

1-2. 消費税の取扱い

補助金は対価性のない収入のため、消費税法第2条第1項第8号（資産の譲渡等）に該当せず、消費税法第4条第1項の課税対象外（不課税取引）となります。

【一般事業者の場合】
仕入控除税額の計算上は課税売上割合の分母分子いずれにも含まれません。なお、補助金を使って購入した設備・サービスに係る消費税については、課税仕入れとして仕入税額控除の対象となるかを別途確認します。補助金の受取りが不課税であることと、設備購入時の消費税処理は分けて整理する必要があります。

【国・地方公共団体・公益法人等（社会福祉法人・学校法人・NPO法人等）の場合】
補助金は「特定収入」に該当し、特定収入割合が5%超の場合は仕入控除税額の調整が必要（消費税法第60条第4項）。一般事業者と取扱いが異なるため注意が必要です。

1-3. 個人事業主の所得税（所得税法第42条「国庫補助金等の総収入金額不算入」）

個人事業主の場合、補助金は原則として事業所得の総収入金額に算入されます。ただし、所得税法第42条により、国庫補助金等で固定資産を取得した場合は、その補助金額相当部分を総収入金額に算入しないという特例が設けられています。

【法人税の圧縮記帳との違い】

• 法人税：補助金は益金算入し、同額の圧縮損を損金算入（差引ゼロ、法人税法第42条）
• 所得税：補助金は最初から総収入金額に算入しない（当初から収入計上しない）

両者は会計・税務処理が異なりますが、最終的な課税繰延の経済効果は同様で、いずれも取得価額は圧縮後の金額となります。この特例を受ける場合は、国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書を添付して確定申告を行います。

2. 圧縮記帳の制度概要

圧縮記帳は、固定資産の取得または改良に充てるために交付された国庫補助金等について、返還不要が事業年度終了時までに確定し、交付目的に適合した固定資産を取得・改良した場合に、圧縮限度額の範囲内で帳簿価額を減額し、または積立金として経理することで、損金算入を認める制度です（法人税法第42条）。補助金益金算入と同額の損金（圧縮損）を計上することで、課税を将来の減価償却・処分時に繰り延べることができます。補助金全額を常に圧縮できるわけではなく、固定資産取得等に充てた金額・圧縮限度額・申告書添付書類を確認する必要があります。

圧縮記帳のメリット

• 補助金受領時の課税負担を軽減
• キャッシュフロー改善
• 設備投資の実質コスト圧縮

圧縮記帳のデメリット

• 取得価額圧縮により減価償却費が圧縮（将来の損金が減少）
• 処分時に圧縮累計額の益金算入で課税
• 別表十三（一）の記載が必要
• 処分時の圧縮益益金算入リスク（法人税法第44条）に注意

圧縮記帳と税額控除・特別償却の選択適用

ものづくり補助金等で取得した固定資産については、圧縮記帳と以下の税額控除・特別償却を選択適用できます（重畳適用不可、有利選択が必要）。

• 中小企業経営強化税制（租税特別措置法第42条の12の4）：特定経営力向上設備等の即時償却または10%税額控除
• 中小企業投資促進税制（租税特別措置法第42条の6）：機械装置等の30%特別償却または7%税額控除
• カーボンニュートラル投資促進税制等

圧縮記帳は「課税繰延」の効果、税額控除は「税額の確定的減額」の効果で、性質が異なります。長期的なキャッシュフロー比較と税効果計算を踏まえた有利選択は税理士の判断領域です。

3. 圧縮記帳の要件

圧縮記帳の要件

• 国・地方公共団体・独立行政法人・特殊法人等からの補助金等
• 固定資産の取得または改良に充当
• 原則として同一事業年度内の固定資産取得（法人税法第42条）。固定資産取得が翌期以降にずれる場合は、法人税法第43条「国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入等」により特別勘定の経理（積立金として積み立てる方法または仮受金等として経理する方法、法人税基本通達10-1-1）で対応可能
• 確定申告書に圧縮損の損金算入の明細書（別表十三（一））を添付
• 会計帳簿に圧縮記帳の処理を反映（損金経理または積立金経理）

対象となる補助金（使途で判断）

対象となるかは補助金名ではなく、補助金の交付目的と実際の使途で判断します。以下の補助金等であっても、固定資産の取得または改良に充てた部分は圧縮記帳の検討対象となり得ますが、広告宣伝費、人件費、外注費、専門家経費、クラウド利用料等の経費補助部分は原則として圧縮記帳の対象外です。

• ものづくり補助金（経済産業省）
• 中小企業新事業進出補助金（事業再構築補助金の後継）
• 小規模事業者持続化補助金
• IT導入補助金（デジタル化・AI導入補助金）
• 中小企業省力化投資補助金
• 事業承継・M&A補助金（設備取得分）
• 地方公共団体の各種補助金

4. 直接減額方式と積立金方式

圧縮記帳には「直接減額方式」と「積立金方式」の2つの経理方法があります。

4-1. 直接減額方式

固定資産の取得価額を直接減額する方法。

仕訳例（補助金1,000万円、機械2,000万円取得）

• 取得時：機械装置 2,000万円 / 現金 2,000万円
• 補助金受領：現金 1,000万円 / 雑収入 1,000万円
• 圧縮記帳：固定資産圧縮損 1,000万円 / 機械装置 1,000万円
• 結果：機械装置の帳簿価額1,000万円、減価償却の対象も1,000万円

4-2. 積立金方式

固定資産の取得価額は減額せず、利益処分による積立金として圧縮金を計上する方法。

仕訳例

• 取得時：機械装置 2,000万円 / 現金 2,000万円
• 補助金受領：現金 1,000万円 / 雑収入 1,000万円
• 積立金計上：繰越利益剰余金 1,000万円 / 圧縮積立金 1,000万円
• 確定決算で圧縮積立金を積み立て、税務申告上、別表4・別表5(1)・別表十三（一）等で損金算入額と積立金の増減を管理。具体的な申告調整は税理士業務

4-3. 方式の選択基準

• 直接減額方式：簡便、減価償却費が小さくなる
• 積立金方式：会計上の取得価額が維持される、減価償却費・利益剰余金管理が複雑

5. 別表十三（一）の記載

圧縮記帳を行う場合、確定申告書に「別表十三（一）国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する明細書」（国税庁公式名称）を添付する必要があります。

記載項目

• 補助金の名称・交付決定年月日・交付額
• 取得した固定資産の名称・取得価額
• 圧縮損の金額
• 圧縮後の帳簿価額・減価償却計算

別表十三（一）の作成・税額計算・確定申告は税理士業務です。記事は実務概要の整理として参照ください。

6. 処分時の取扱いと財産処分制限期間

6-1. 法人税法第44条：圧縮記帳済み固定資産の処分時の益金算入

法人税法第44条には明示的な「処分制限期間」の規定はありませんが、圧縮記帳済みの固定資産を売却・廃棄等の処分をした場合に、未償却残高に対応する圧縮累計額（または残存圧縮積立金）が益金算入される仕組みです。

• 直接減額方式：取得価額が圧縮されるため、その後の減価償却費が少なくなり、売却時には帳簿価額が低い分だけ譲渡益が大きくなる形で課税が実現
• 積立金方式：圧縮積立金の取崩しに伴う申告調整が必要

減価償却が終了するまでの間は圧縮累計額が残存するため、減価償却期間中の処分は税負担が増加します。

6-2. 補助金交付規程上の財産処分制限期間

各補助金交付規程（中小企業庁等）では、補助事業で取得した財産について、減価償却資産の耐用年数（または50万円以上の財産は処分制限期間内）の処分には事務局の事前承認が必要で、財産処分による収益は補助金返還の対象となる場合があります（補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第22条）。

上記の2つは別概念で、法人税法第44条は税務処理の問題、補助金交付規程上の処分制限は補助金返還の問題です。両者を踏まえた設備投資計画の立案が必要です。

7. 補助金返還時の処理

補助金の交付決定取消し・返還命令があった場合、補助金適正化法・交付規程上の返還手続と、法人税・消費税・会計上の処理を分けて確認します。圧縮記帳済みの場合は、直接減額方式か積立金方式か、対象資産の残存状況、返還額、過年度申告への影響により処理が変わるため、税理士に確認します。

8. 業務範囲の整理

行政書士の業務範囲（行政書士法第1条の2第1項：権利義務・事実証明書類の作成、第1条の3第1項第1号：提出代理）

• 補助金申請代行：経済産業省系補助金（ものづくり・小規模事業者持続化・IT導入・中小企業新事業進出補助金（事業再構築補助金の後継）・省力化投資・事業承継M&A等）
• 事業計画書・収支見通しの整理（補助金申請書類作成支援の一環として行政書士が関与可能）
• 採択後の事業実施計画書・実績報告書の作成
• 補助金交付申請書・補助事業実施計画書の整備
• 圧縮記帳の概要説明資料の整備（税理士との連携窓口）
• 補助金交付規程上の財産処分承認申請（補助事業の財産処分時）

※認定経営革新等支援機関、金融機関、商工会・商工会議所、IT導入支援事業者、販売事業者等の関与が必要な制度では、各制度の要件に従って連携します。

業務範囲外（連携先専門家）

• 圧縮記帳の採否判断・別表十三（一）の作成・税額計算・確定申告（税理士法第2条、税理士業務）
• 会計帳簿への単純入力・領収書整理等の記帳補助と、税務判断を伴う会計処理、決算書作成、法人税申告書・別表作成は区別。後者は税理士業務
• 高度な財務分析・経営診断（中小企業診断士・税理士）
• 収益見通しの数値根拠・財務分析（中小企業診断士・税理士）
• 補助金返還命令・処分取消し等の行政訴訟・行政不服審査（弁護士法第3条、弁護士業務）

FAQ｜よくあるご質問

Q1. 圧縮記帳をしない場合、補助金にいくら税金がかかりますか？
A. 法人税の実効税率（2026年4月時点）は以下のとおりです。

• 大企業：法人税23.2%＋地方法人税・住民税・事業税で実効税率約30%
• 中小企業（資本金1億円以下、所得800万円以下の部分）：軽減税率15%＋地方税で実効税率約25%
• 中小企業（所得800万円超の部分）：法人税23.2%＋地方税で実効税率約34%

例えば1,000万円の補助金を圧縮記帳せず益金算入すると、中小企業の場合は約250万円〜340万円が法人税・住民税・事業税で課税されます（他の所得との合算で税率が決まる）。圧縮記帳により、この課税を将来の減価償却・処分時に繰り延べることが可能ですが、長期的な税効果計算と税額控除との比較が必要なため、税理士の判断が重要です。

Q2. 直接減額方式と積立金方式はどちらが良いですか？
A. 業務効率では直接減額方式（簡便）、会計上の取得価額維持では積立金方式が優位です。中小企業では直接減額方式が一般的、上場企業や会計表示を重視する企業では積立金方式が選ばれることが多いです。具体的な選択は税理士・会計士に相談してください。

Q3. 補助金の対象が固定資産以外（経費等）の場合は圧縮記帳できますか？
A. できません。圧縮記帳は固定資産取得・改良に充当した補助金が対象で、広告宣伝費・人件費・外注費・専門家経費・クラウド利用料などの経費補助部分は対象外です。経費補助の補助金は全額が当期益金として課税対象となります。

Q4. 補助金交付の翌期に固定資産を取得する場合の処理は？
A. 法人税法第43条「国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入等」により、補助金交付の事業年度に特別勘定として損金算入し、翌期以降の固定資産取得時に圧縮記帳に振り替える処理が可能です。経理方法は積立金として積み立てる方法のほか、仮受金等として経理する方法も認められます（法人税基本通達10-1-1）。詳細は税理士確認が必要です。

Q5. 圧縮記帳と中小企業経営強化税制の即時償却はどちらが有利ですか？
A. 個別事案により異なります。圧縮記帳は課税繰延（将来の課税）、即時償却は当期一括損金算入（将来の減価償却費がない）の効果で、長期的なキャッシュフロー比較が必要です。両者は重畳適用できないため、税理士の判断による有利選択が重要です。

関連記事

• ものづくり補助金申請代行｜2026年第23次公募・最大4,000万円・必要書類と賃上げ要件
• 小規模事業者持続化補助金の申請代行｜2026年通常枠・最大250万円・賃金引上げ特例
• デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）申請サポート｜補助対象経費・申請の流れ
• 中小企業新事業進出補助金（新事業進出促進補助金）申請代行｜事業再構築補助金後継・最大9,000万円・第4回公募中

まとめ

補助金は法人税法上、原則として益金算入され、課税対象となります。法人税基本通達2-1-1により、権利確定主義（交付決定通知の到達時）が原則的な計上時期です。一方、消費税法上は対価性のない収入として不課税（消費税法第2条第1項第8号・第4条第1項）となり、課税売上割合の分母分子に含めません。国・地方公共団体・公益法人等では特定収入による仕入控除税額の調整（消費税法第60条第4項）が必要となるため取扱いが異なります。

固定資産の取得または改良に充当した補助金については、法人税法第42条の圧縮記帳により課税を将来へ繰り延べることができます。同一事業年度内に固定資産を取得した場合は法人税法第42条、固定資産取得が翌期以降にずれる場合は法人税法第43条の特別勘定経理（積立金または仮受金等として経理）で対応します。圧縮記帳済み固定資産を処分した場合の益金算入は法人税法第44条で規定されています。

圧縮記帳には直接減額方式と積立金方式の2方法があり、確定申告書に「別表十三（一）国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する明細書」（国税庁公式名称）を添付する必要があります。経費補助部分（広告宣伝費・人件費・外注費・専門家経費・クラウド利用料等）は圧縮記帳の対象外で、全額が当期益金として課税対象となります。

圧縮記帳と中小企業経営強化税制（即時償却・10%税額控除）・中小企業投資促進税制（30%特別償却・7%税額控除）等の税額控除・特別償却は重畳適用できません。圧縮記帳は「課税繰延」の効果、税額控除は「税額の確定的減額」の効果で性質が異なるため、長期的なキャッシュフロー比較と税効果計算を踏まえた有利選択が必要です。個人事業主は所得税法第42条「国庫補助金等の総収入金額不算入」の特例（法人税の圧縮記帳とは別制度）が適用されます。

圧縮記帳の採否判断、別表十三（一）の作成、税額計算、確定申告は税理士業務として整理します。当事務所では補助金申請代行・採択後の実績報告書作成・財産処分承認申請等を行政書士業務範囲で対応します。補助金申請をご検討中の事業者様は、着手金0円・完全成果報酬・不採択時無料でぜひご相談ください。

※ 本記事は執筆時点の法令・実務に基づき細心の注意を払って執筆しておりますが、内容の正確性・完全性・最新性を保証するものではなく、誤記・脱漏等があった場合でも当事務所は一切の責任を負いません。法令・実務の取扱いは改正・運用変更により変動します。個別具体的な事案・手続については、必ず行政書士・弁護士・税理士・司法書士等の専門家にご確認のうえご判断ください。